Ponieważ Wirus Tomato Brown Rugose Fruit Virus infekuje pomidory i papryki na całym świecie, firmy nasienne pracują nad wyhodowaniem odpornego pomidora.
Bogate zasoby genetyczne i genomiczne były dostępne dla hodowców pomidorów jeszcze przed rozpoczęciem projektów sekwencjonowania genomu pomidora. W kilku miejscach od dawna założono duże kolekcje plazmy zarodkowej pomidora. W bankach genów na całym świecie zachowanych jest ponad 75,000 XNUMX odmian pomidorów. Jednym z największych jest bank genów USDA w Genewie w stanie Nowy Jork.
Sekwencjonowanie genomu pomidora rozpoczęto w 2005 r. Jako międzynarodowy wysiłek 14 krajów i zakończono w 2012 r. Wysiłki te zostały znacznie przyspieszone dzięki zastosowaniu sztucznej inteligencji, uczenia maszynowego i zaawansowanych algorytmów do analizy dużych ilości danych genetycznych i fenotypowych.
Pan-Genom pomidora
Naukowcy z Boyce Thompson Institute w 2020 roku stworzyli wysokiej jakości genom referencyjny dla dzikich pomidorów, aby uzyskać pełniejszy i bardziej użyteczny pan-genom pomidora. Odkryli sekcje genomu, które leżą u podstaw smaku, wielkości i dojrzewania owoców, tolerancji na stres i odporności na choroby. Częściowo dzięki najnowocześniejszym technologiom sekwencjonowania, które mogą odczytywać bardzo długie fragmenty DNA, genom referencyjny jest pełniejszy i dokładniejszy niż istniejąca baza danych.
Starsze technologie sekwencjonowania, które odczytują krótsze fragmenty DNA, identyfikują mutacje na poziomie pojedynczej zasady. Jednak nie są one dobre w znajdowaniu wariantów strukturalnych, takich jak insercje, delecje, inwersje lub duplikacje dużych fragmentów DNA.
W 2019 roku międzynarodowa grupa naukowców skonstruowała pan-genom pomidora przy użyciu sekwencji genomu 725 odmian reprezentatywnych filogenetycznie i geograficznie. Ta baza danych zawiera 4,873 genów, których nie znaleziono w oryginalnym genomie referencyjnym. Obecne / nieobecne analizy zmienności ujawniły znaczną utratę genów i intensywną negatywną selekcję genów i promotorów podczas udomowienia i poprawy pomidora.
Przeczytaj cały artykuł na www.seedworld.com.